1. 与AUTOCAD的DWG格式不同的是，如果DGN文件中的某个level中已经有元素存在，那么该level则不能被删除。可以尝试以下方法：
a. 通过Level Display工具进行控制，使视图只显示要删除层中的元素，利用全选（Ctrl+A）命令选中该层的所有元素进行删除。然后尝试删除该层。 b. 如果a方法不起作用，则该层中可能仍然含有共享单元定义(Shared Cell Definition)的内容 。 此时，选菜单File > Compress > Options打开压缩选项对话框，勾选所有选项后点击Compress按钮进行压缩。或者也可以使用键入命令delete scdefs all 来删除共享单元定义，然后再尝试删除该层。
2. DGN文件中的下列层即使层里没有元素也无法被删除：
a. Default LEVEL, 是DGN文件的默认层，不能被删除。
b. 0 level，DGW文件转为DGN时，DWG中的默认层在DGN中会显示为LEVEL 0， 所以也不能被删除。
c. DefPoint Level，DGW文件转为DGN时，DWG文件中使用的Dimension的样式信息会保存在某一层，而该层在转换为DGN后即为DefPoint Level，所以也不能 删除。
3. 位于层库(Level Library)中的层也无法删除：
这些层会在Level Display对话框中显示为灰色，表示它们位于DGNLIB文件中，你只有将这些DGNLIB文件移到其它的文件夹（指不在配置变量MS_DGNLIBLIST指定的那些文件夹）下才能将这些层库中的层不显示出来。