Si los niveles están creados en ese dgn a nivel local y no contienen ninguna información (no están en uso) las instrucciones son:
1. Archivo\Comprimir-> seleccionar borrar niveles no usados y presiona comprimir.
Esto borrara esos niveles.
Ver video
Si los niveles se encuentran en una librería dgnlib no se podrán borrar la única opción será acceder a el dgnlib en cuestión y borrar esos niveles directamente desde allí o bien hacer que la variable MS_DGNLIBLIST apunte a otra carpeta donde se encuentre otra dgnlib con solo los niveles deseados disponibles.
Para comprobar si los niveles se encuentran en una dgnlib abra el administrador de niveles, encienda la columna librería y allí podrá ver el nombre de la dgnlib de la que está tomando los niveles en cuestión.
Nota importante: si estos dgnlib no están guardados en su sistema Local, solo en Red no debería modificarlos ya que afectara a los diferente usuarios que hagan uso de este dgnlib.
Contacte con su ACAD manager o departamento de informatica para que cree otra dgnlib con los niveles necesarios y haga apuntar la variable Ms_dgnliblist hacia ese nuevo directorio usando la opcion prepend y escribiendo en NUEVO VALOR el directorio donde buscar la dgnlib.
Una vez hecho esto presione ok, ok de nuevo y cuando le aparezca el mensaje de alerta "Guardar cambios de archivo de configuracion" diga que si,
Cierre MicroSation y vuelva a abrirlo de nuevo para que se lea el valor de la nueva variable.
Vea video adjunto
Si los niveles no se borran porque existen definicion de celulas compartidas entonces revise este articulo
http://communities.bentley.com/products/microstation/w/microstation_-_wiki_es/21243.como-borrar-niveles-vacios-que-poseen-definicion-de-celulas-compartidas