【現象】MicroStationにて設定値の保存が正常に動作しないようになってしまいました。
1週間ほどユーザーを変えて使用していたのですが、現在どちらのアカウントでも設定値の保存がされなくなりました。デザインファイル自体には問題なく、どちらのユーザーでも保存できています。
【解決策】MicroStationを初期状態に戻して、設定値の保存が正常に行われるようになりました。
MicroStationを初期状態に戻す方法についてこのWikiを参照ください。